南京紫金醫院由第二軍醫大學南京軍醫學院腦血管病康復治療中心(1987)發展而來，1993年經南京市衛生局批準更名為“南京紫金醫院”，歷經37年發展，現為三級康復醫院。南京紫金醫院與南京腦科醫院、南醫大附屬逸夫醫院等醫療機構組成醫聯體，方便患者雙向轉診。